ILSA se estructura de la siguiente forma: 

1. La junta directiva: ILSA cuenta con una junta directiva de carácter internacional que tiene una función fundamentalmente política: establece cuáles son los temas relevantes en el campo jurídico y del derecho y cuáles son las líneas de acción de la institución. Además, elige al director ejecutivo y aprueba los balances financieros de ILSA. La junta directiva se reúne una vez al año y se integra por las siguientes personas: 

Custodio López, Ramón, Honduras
Médico, Comisionado Nacional de los Derechos Humanos
custodiolopez@conadeh.hn 

Evenson, Debra, Estados Unidos
Abogada, experta del sistema legal de Cuba, profesora universitaria
evenson@enet.cu / devenson@rbskl.com / devenson@igc.org 

Gómez, Magdalena, México
Abogada, especialista en derechos de los pueblos indígenas, articulista de La Jornada
magdgomez@hotmail.com 

Jacques, Manuel, presidente de ILSA, Chile
Abogado, escritor, activista; actualmente es presidente del partido Izquierda Cristiana y en el año 2005 fue precandidato presidencial; profesor de la Universidad Bolivariana de Chile
manueljacques@hotmail.com / unibol@mcl.cl 

Mares, Carlos Federico, Brasil
Abogado, profesor de Derecho Agrario y Ambiental de la Póntifica Universidad Católica de Paraná (PUC-PR); ex procurador del estado de Paraná (entre 1991 e 1994); ex secretario de cultura del Municipio de Curitiba (entre 1983 e 1988); especialista en derechos indígenas; ex presidente de la FUNAI (Fundación Nacional del Indio)
carlosmares@terra.com / mares@mps.com.br

Moncayo Salcedo, Héctor León, Colombia
Economista, profesor universitario, vocero de la Red Colombiana de Acción frente al Libre Comercio y el ALCA, miembro del consejo de redacción de Le Monde Diplomatique, edición para Colombia
hector@ilsa.org.co

Moncayo, Víctor Manuel, Colombia
Abogado, profesor emérito de la Universidad Nacional de Colombia; ex decano de la Facultad de Derecho, Ciencias Políticas y Sociales; ex rector de la UNAL (1997 – 2003)
vmmoncayo@unal.edu.co 

Palacio, Germán, Colombia
Abogado, profesor titular de la Universidad Nacional de Colombia, ex director de la sede Amazonia de esta misma institución. En la actualidad coordina el Proyecto Saber y Gestión Ambiental en la ciudad de Leticia.
germanpalacio@hotmail.com 

2 .   El comité ejecutivo: este órgano tiene como fin el apoyo puntual y permanente al director ejecutivo en temas cotidianos de la institución como, por ejemplo, la elaboración de contratos, el establecimiento de relaciones interinstitucionales o la búsqueda de canales de financiación. El comité ejecutivo se reúne una vez al mes y está integrada por una persona de la junta directiva, un académico externo y una persona del equipo de investigadores. El director ejecutivo funge de secretario. 

3.  El director ejecutivo está responsable de la parte operativa de ILSA. Su tarea consiste, entre otras cosas, en desarrollar los planes trienales de ILSA, impulsar la financiación y establecer relaciones interinstitucionales. El actual director ejecutivo de ILSA es Jairo Estrada Álvarez. 

4.  El equipo: ILSA tiene tres divisiones: la sección programática, responsable de la ejecución de los proyectos; el centro de documentación, publicaciones y difusión; la administración (véase Equipo de trabajo)